...
Если ваш токен вставлен в терминал, а в программе терминального клиента настроен проброс смарт-карт, то Рутокен работать будет.
Если же Рутокен вставлен в сервер, а к нему пытаются обратиться удаленно, то такая схема работать не будет.
В Citrix будет ситуация аналогичная использованию Рутокена в RDP.
...