Чтобы удалить сертификат или сертификат с ключевой парой:

1. Включите режим управления:
   1. В строке меню нажмите Настройки. 
   2. В окне Настройки рядом с полем Режим управления установите переключатель в положение Включен.
2. На боковой панели для выбора устройства нажмите на нужный Рутокен.
3. В секции для вкладок нажмите Сертификаты.
4. Один раз нажмите левой кнопкой мыши на карточку сертификата или карточку сертификата с ключевой парой.
5. Нажмите на иконку Удалить .
   
6. В окне Удаление сертификата в поле ввода укажите PIN-код Пользователя и нажмите кнопку Продолжить.
7. Нажмите Удалить.

В результате сертификат будет удален.