1 Доустанавливаем необходимые пакеты с диска

Пуск - Настройки - Менеджер пакетов

через Быстрый фильтр или через поиск находим и отмечаем к установке следующие пакеты:

2 Добавляем библиотеку librtpkcs11ecp.so

Загружаем библиотеку через браузер

https://download.rutoken.ru/Rutoken/PKCS11Lib/Current/Linux/x64/rtpkcs11ecp/librtpkcs11ecp.so

или через консоль

Пуск - утилиты - Терминал Fly

$ wget --no-check-certificate https://download.rutoken.ru/Rutoken/PKCS11Lib/Current/Linux/x64/rtpkcs11ecp/librtpkcs11ecp.so

Копируем в системную папку  

$ sudo cp librtpkcs11ecp.so /usr/lib
$ sudo chmod 644 /usr/lib/librtpkcs11ecp.so 

3 Проверяем что Рутокен ЭЦП работает в системе

Пуск - утилиты - Терминал Fly

$ pkcs11-tool --module /usr/lib/librtpkcs11ecp.so -T 

В случае если увидите вот такую строку, значит все хорошо.

Rutoken ECP <no label> 

4 Считываем сертификат

Проверяем что на устройстве есть сертификат

$ pkcs11-tool --module /usr/lib/librtpkcs11ecp.so -O 

Если после строчки 

Using slot 0 with a present token (0x0) 

нет ничего, значит устройство пустое. Обратитесь к администратору или создайте ключи и сертификат самостоятельно следуя пункту 4.1

Если после строчки

Using slot 0 with a present token (0x0)

выводится информация о ключах и сертификатах то необходимо считать сертификат