Чтобы использовать сертификат для авторизации на компьютере, нужно, чтобы в настройках "Панели управления Рутокен" - "Настройки криптопровайдера" напротив используемой модели Рутокен был выбран тот криптопровайдер, который будет использоваться для работы с сертификатом.