Описание интеграции устройств Рутокен в мобильные приложения для платформы Android без использования приложения "Панель управления Рутокен" располагается на https://github.com/AktivCo/android-standalone-scheme-docs.
Пример приложения, которое демонстрирует работу такой интеграции https://github.com/AktivCo/rutoken-tech-android